افرادی بسيار همانند خسرو باقری و همفکرانش درباره منشا و ماهیت علوم انسانی مغالطه ای مینمایند به نام: مغالطه پیدایشی(Genetic fallacy). مغالطه پیدایشی آن است که با این پیش فرض که ماهیت چیزی برابر خاستگاه و منشا پیدایش آن است، به استدلال بپردازیم. (ماهیت الف=خاستگاه الف). به طور مثال آیا میتوان گفت که چون شراب، منشئی پاک و غیر الکلی دارد، پس حتما ماهيتی غير الكلی و پاك دارد. آقای باقری براي بومي سازی در علوم انسانی راه حلی پيشنهاد نموده و ميگويد همانطور كه تعامل متافيزيك و علم بر خلاف عقيده پوزيتيويستها به اثبات رسيده و اين نكته روشن گشته كه بسياري از نظريات علمي متاثر و ملهم از يك محرك عقيدتي متافيزيكي بوده، ما نيز بايستي با يافتن متافيزيك اسلام، فرضيه هايمان را با الهام گيري از آن بدست آوريم و بعد همانها را به محك تجربه درآوريم كه يا ثابت ميشود يا رد ميگردد و در صورت رد شدن هيچ ضربه اي به پيش فرض هاي ديني نمي خورد زيرا آنچه كه رد شده صرفا فرضيه اي ملهم از آن بوده است. خسرو باقري اين مطالب را در كتابي به نام از علم سكولار تا علم ديني نوشته و خود اين اسم همان سفسطه مذكور است. آيا چون علوم انساني خاستگاهي متافيزيكي يا ايدئولوژيك دارد، پس حتما ماهيتي ايدئولوژيك و متافيزيكي دارد ؟ علوم انساني اگر خاستگاه متافيزيكي داشته باشد، به خاطر محك تجربي و ملموس و عيني آن چنين ماهيتي را ندارد چرا كه مسائل متافيزيكي اموري عيني و ملموس نيستند و اگر منشا ايدئولوژيك يعني متاثر از چه انديشه سكولاريسم و چه انديشه تئوكراسي و... را داشته باشد، به خاطر سنجش صحت يا كذب آن بر مبناي مطابقت آن با امور واقع، ماهيت ايدئولوژيكش را از دست ميدهد، يعني حتي اگر خاستگاه علوم انساني به قول آملي لاريجاني الحادي باشد، به خاطر واقع گرايي اين علم ديگر نميتوان ماهيت آن را متصف به الحادي يا غير الحادي نمود چرا كه ديگر ماهيتي فرا ايدئولوژيك پيدا مي كند. اصلا معناي ايدئولوژي يعني *آرزوي عقلي* (ايده: آرزو، لوژي=لوگوس: عقلي)، در حاليكه علوم انساني بر خاطر واقع گرايي اش فاقد ماهيت آرزويي و ايدئاليستي است و به خاطر تجربه گرايي اش، فاقد ساختار فلسفي و عقلي است. بنابراين در علوم انساني ماهيت پيش فرض ها متفاوت از ماهيت فرضيات آن است، زيرا پيش فرض ها غير قابل تجربه و فلسفي و ايدئولوژيك هستند در حاليكه فرضيات آنها تجربه پذير ميباشند. پيش فرض حتي ممكن است غلط باشد اما فرضيه ي برآمده از آن پيش فرض غلط ميتواند درست باشد، پس مهم نيست كه خاستگاه و پيش فرض هاي علوم انساني چه هستند يا درست يا غلط هستند، بلكه مهم آن است كه فرضيه هاي بر آمده از آن پيش فرض ها صحت خود را با آزمون پذيري و تجربه پذيري نشان دهند. به عنوان مثال رويكردهاي اصلي پنجگانه در روانشناسي، همگي ايدئولوژيك و غير قابل تجربه ميباشند اما مهم فرضيات قابل تجربه برآمده از آنها ميباشند. به عنوان مثال رويكرد رفتاري فطرت انساني را قبول ندارد و تمام رفتارهاي او را اكتسابي ميپندارد. اما آيا اين بدان معناست كه تمام فرضيات برآمده از اين پيش فرض مغاير با اسلام نيز غير اسلامي است؟ مثلا مسائلي چون تاثير محيط بر يادگيري و... كه به اثبات تجربي نيز رسيده اند نيز به خاطر پيش فرض غير اسلاميشان، الزاما ضد اسلامي ميباشند؟ پس در حقيقت پيش فرض ها هيچ اثري در صدق و كذب ماهيت فرضيات و نظريات برآمده از آنها ندارند زيرا ميتوان از دو پيش فرض كاملا متناقض فرضياتي را استخراج نمود كه هيچ تناقض و ناسازگاري با يكديگر نداشته باشند و صحت و صدق آنها به وسيله تجربه و مطابقتشان با امور واقع به اثبات رسيده باشد.